Od samog svog osnivanja, Mešihat Islamske zajednice je radio na unapređenju vjersko-prosvjetnog sistema, čiji najveći dragulj je Medresa "Gazi-Isabeg", koja je nakon svog uspješnog dugogodišnjeg rada čvrsto stala na svoje noge. Imajući to u vidu, kao i potrebe daljeg školovanja njenih svršenika, od kojih mnogi nisu u situaciji nastaviti studije u inostranstvu, godinama se razmišljalo o ideji osnivanja više islamske škole. Realizaciju pomenute ideje je donekle ubrzala i činjenica da se od školske 2001/02. godine vjeronauka vratila u državne škole, što podrazumijeva potrebu za velikim brojem predavača vjerske nastave, tako da je na zasijedanju Sabora Islamske zajednice Sandžaka, održanom 12. maja 2001. godine, donijeta odluka o osnivanju Islamske pedagoške akademije u Novom Pazaru.

Od tog dana se pristupilo brojnim pripremama, koje su se ogledale u donošenju Statuta Akademije, izradi vodiča za studente, indeksa i drugih potrebnih pretpostavki za uspješan početak i rad ove najmlađe ustanove Islamske zajednice Sandžaka. Za prvog dekana Akademije izabran je predsjednik Mešihata, muftija Muamer ef. Zukorlić, a tim profesora činili su pet doktora nauka (trojica iz BiH - dr. Džemaludin Latić, dr. Šefik Kurdić i dr. Sulejman Topoljak) i pet predavača. Odlukom Mešihata, od oktobra 2003. god. Akademije je prerasta u visoku trogodišnju školu i mijenja svoj naziv u Islamska akademija.

Interesovanje za ovu višu islamsku školu je zapaženo, tako da je ona prerasla u Fakultet za islamske studije (FIS). Dekan Fakulteta je dr. Mevlud-ef. Dudić. Nakon ramazana 2006. godine Fakultet za islamske studije prešao je u svoje prvobitne prostorije - zgradu Islamskih ustanova u centru Novog Pazara.

Na FIS se upisuju studenti na pripremnoj godini, kao i redovni studenti. U prvu godinu studija pravo upisa imaju svršenici medresa, dok se u pripremnu godinu upisuju studenti koji su završili druge srednje škole, tako da imaju obavezu pohađati stručne predmete iz Medrese. Završni ispit na pripremnoj godini je ujedno i kvalifikacioni ispit za upis u prvu godinu Fakulteta za islamske studije.

Nastava se odvija svakim radnim danom, a za pripremnu godinu u popodnevnim satima